Program Studi Pendidikan Fisika merupakan salah satu Program Studi yang berada di bawah naungan Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam, Universitas Pendidikan Ganesha. Program Studi Pendidikan Fisika berdiri sejak tanggal 23 September 1964, sebagai Program Sarjana Muda (S1) dan menjadi bagian dari Fakultas Keguruan dan Ilmu Pendidikan (FKIP), IKIP Malang Cabang Singaraja. Prodi ini kemudian berkembang menjadi Prodi S1 Pendidikan Fisika pada tahun 1979, di bawah Fakultas Keguruan Universitas Udayana.

Pada tahun 1983, Prodi Pendidikan Fisika bernaung dibawah Fakultas Keguruan dan Ilmu Pendidikan (FKIP)  Universitas Udayana, yang kala itu merupakan gabungan Fakultas Keguruan (FKg) dan Fakultas Ilmu Pendidikan (FIP). Pada tahun 1991 Prodi Fisika berada di bawah Fakultas Pendidikan MIPA STKIP Singaraja, setelah berdiri sendiri dan melepaskan diri dari Universitas Udayana. Selanjutnya STKIP Berubah menjadi IKIP Singaraja pada tahun 2001, dan mulai tahun 2006 Prodi Pendidikan Fisika bernaung di bawah Fakultas MIPA setelah terjadi perubahan status IKIP Singaraja menjadi Universitas Pendidikan Ganesha (Undiksha).